在無土栽培中，應用的固體基質有許多種，包括蛭石、珍珠巖、稻殼、椰糠、鋸末、菌渣等，加入營養液后，像土壤一樣給植物提供氧氣、二氧化碳、養分和對植物的支持，同時能夠彌補水培的一些不足之處，固體基質是無土栽培中極為重要的一個組成部分。
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1、電處理：利用3DT-90型土壤連作電處理機來控制栽培基質中病原微生物和線蟲是一種物理的方法，也是實施無毒農業控制土傳病害的新技術。
2、蒸氣消毒：蒸氣消毒經濟實惠。將蒸氣管插入栽培床即可。鋸木梢蒸氣可進入到80cm的深度，砂與鋸末為3：1的混合物床，蒸氣能進入10cm深。
3、藥劑消毒：甲醛殺菌，效果較好。1升甲醛（40%濃度）可加水50升，按用量每平方米20—40升施于基質，用塑料薄膜覆蓋24小時。植物種植前，甲醛消毒基質要風干2周。
4、1%濃度的漂白粉對砂礫基質消毒效果較好。栽培床用1%濃度的漂白粉浸潤半小時，然后用淡水沖洗，消除氯。