基質的選擇一般要滿足以下要求：無毒無害、透氣穩定、方便易得、干凈無菌。
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一般河沙、珍珠巖、椰糠、進口泥炭土、巖棉等都可以作為無土栽培基質；其中珍珠巖、椰糠、進口泥炭和巖棉應用最廣。
珍珠巖體積輕、無毒無菌、理化性質穩定且非常廉價，在大面積基質栽培中應用較廣。不過保水能力差、容易粉化、營養液擴散差、過于輕而固定性差是它的弱點，如果供液不及時、滴灌不均勻，作物容易出現缺水萎蔫，一般會配合泥炭土、椰糠等來使用。
進口泥炭有不同的粗細規格，一般10-30mm和20-40mm適用于蔬果的基質栽培，保水性、通氣性、生根性均不錯，是目前基質栽培最廣泛使用的材料。
不過泥炭土屬于不可再生資源，國內的東北草炭土一般以苔草樹枝物分解而成，穩定性差，一般需摻混別的基質來使用；進口泥炭土資源多數是高緯度泥炭蘚濕地的長年堆積物，穩定性非常好，可單獨應用，并能重復使用2-3茬。
巖棉是輝綠石、石灰巖、焦炭三者按 3:1:1 混合，經高溫熔化噴成的透氣吸水纖維。優點是孔隙度大，可達 96%，吸水性強。巖棉在歐洲的蔬菜無土栽培上應用面積最廣，是最常用的無土栽培基質之一。
椰糠（以及椰殼）的透氣性、保水性都比較理想，而且無毒無菌、材料可再生、性質穩定（經過消毒可連續使用2-3年），是最理想的基質栽培之一。椰糠的缺點是鹽分含量高，但經過清水及營養液的沖洗可以消除這個問題。
目前還有成型的壓縮椰糠栽培袋銷售，可快速鋪設基質栽培設施，方便易用。